既然幕府把压力施加给了自己，板仓重昌就只能请九州的诸侯们替自己分担了，于是，他将任务分解给了九州联军，命令兵力最多的佐贺藩及佐贺藩的支藩莲池藩、小城藩承担进攻岛原城的任务，又命令拥兵1100势的小仓藩和拥兵1250势的中津藩负责进攻四阿山砦、拥兵1000势的石冈藩和拥兵1500势的柳河藩进攻南崩山砦，其余唐津、久留米、森藩、高锅藩等为预备队，视情况分别支援各处战场。
除了安排先期抵达岛原城周边的部队展开第三轮进攻外，板仓重昌还根据幕府物见队（侦查队）的报告，命令福冈藩、秋月藩、东莲寺藩、小仓藩等部沿岛原半岛西海岸南下，籍此迂回到半年南端，直扑原城周边地带，进而阻止起义军修建各处山砦，对原城一线来个黑虎掏心、一击必杀。
而在南九州方向，板仓重昌也致信充当南线讨伐军指挥官的萨摩藩继承人松平（岛津）萨摩守光久，催促他率兵出击天草群岛，剿灭南线的叛乱百姓。
按说，板仓重昌的计划还是周全的，但问题是，岛原半岛西线山谷纵横、道路极其不便，除非板仓重昌调来足够的船只运输，否则想要实现其快速南下、直扑起义军心腹要地的图谋是没办法实现的。
可船在哪呢？
别说，那些坐拥大型“回船”的日本豪商们对支援前线的义务避之不及，就算这些豪商们迫于幕府的压力，老老实实的向西路讨伐军提供船只，时间上也不及的----很多豪商听说幕府讨伐军出击后，就已经把己方在九州地区船只调回本州了，等他们在接受幕府严令后，再把船调回来，黄花菜都已经凉透了。
既然没有船，山路又难走，所以，福冈等藩自然乐得敷衍了事，就这样，快速进军变成了慢速进军，所谓黑虎掏心的计划，自然是落实不下去了。
至于南九州方面，岛津守光肯定是要听命的，但他也有很好的借口，这就是天草群岛中除了上天草岛、下天草岛等2个主岛外，还有长岛、伊唐岛、狮子岛、御所浦岛、横浦岛、樋岛、汤岛、永浦岛、樋合岛、维和岛、大矢野岛、户驰岛、野釜岛等多个有人岛屿，至于无人岛的数量就更多了，因此为了避免有“漏网之鱼”，南线讨伐军需要逐一清查，但船一样没有那么多，因此没那么快“涤荡”干净了叛乱百姓的，也没那么快就直奔富冈城而去了。
两路兵马都在磨洋工，自是让板仓重昌气得吐血，但他又不能分身飞到西南两路去亲自押阵，所以，板仓重昌就只能把怒气撒在了近在眼前的东路讨伐军头上。
由于板仓重昌的不断逼迫，慑于幕府压力的东路诸侯便只好放弃了划水的企图，开始不惜代价的攻打起岛原城内外的起义军来了。
在诸侯拼上全力后，起义军果然支持不住，这不，崇祯十年十二月二十三日，小仓藩和中津藩以伤亡150人的代价，夺取了四阿山砦，守备四阿山砦的岛原百姓350人，全军覆没；两天后，石冈藩和柳河藩也以180人伤亡为代价夺取了南崩山砦，并杀死了山砦中的300男女百姓；至此岛原城的支城全部陷落，守军陷入了孤立无援的境地。
然而就在板仓重昌自以为即将攻陷岛原城之际，守军却凭借着花山京雄半卖半送给起义军的几门“地铳”的威力，再一次挡住了佐贺三藩的进攻，以至于替代身在江户的佐贺藩藩主锅岛胜茂指挥佐贺三藩联军的，莲池藩藩主锅岛直澄直接抱怨称“只有大筒才能压制大筒，所以需要幕府调拨大筒出战”。
板仓重昌怒不可遏之余，发现佐贺藩中有人与岛原城内的起义军暗通曲款----佐贺藩军中有基督教的同情者----当下撤下了佐贺三藩所部，调用唐津、久留米、森藩、高锅等藩部队出战。
说起来，唐津等藩加起来兵力还不如佐贺一藩为多----只有佐贺藩的一半不到----原也是拿不下岛原城的，但岛原藩藩主松仓胜家戴罪立功，找到一条没有被起义军发现的密道，然后通过这条只能供一人通行的密道，直接深入到了岛原城的本丸。
等趁着守军被唐津等藩联军的进攻所吸引之际，板仓胜家领着10余个随从自本丸杀出，一时间突袭得手，杀死了起义军在岛原城内的指挥官，失去指挥的起义在腹背受敌、士气消散的情况下并没有能坚持多久，就这样，岛原城落入了幕府讨伐军之手。
尽管最终胜利的夺取了岛原城，斩杀了留守岛原周边的3000百姓，但二十多天就这么耽搁了，以至于起义军已经顺利的在各处设立起了山砦，幕府讨伐军速决速战的企图却是彻底破产了。
按理说，此番出动的都是诸侯的部队，消耗的都是诸侯的力量，打得快打得慢对幕府来说没有什么大的损失，可问题是，总指挥官是江户幕府派去的，外人总觉得讨伐军打的不好是因为总指挥官手艺太潮了，这就让德川幕府丢了面子，于是，为了严肃军心，即便得知讨伐军已经收复岛原城了，江户老中会议还是做出了解除板仓重昌讨伐军总指挥的决议，并任命忍藩藩主、三代将军家光小姓出身的老中松平信纲为新任讨伐军总指挥，立刻赶往九州接替板仓重昌。
得到自己被幕府解职的消息，板仓重昌内心中的那根弦断了，于是他便亲自上了一线，指挥部队攻打龙石海岸线边的须川山砦，结果自然是求仁得仁，死在了守军的流弹之下。
板仓重昌战死了，岛原北线的战事自然就自动停止了下来，但起义军的局面并未真正得到改善，相反，随着西路讨伐军出现在了濡川上游河谷及岛原西乡等地，起义军回旋的余地已经越来越小了，一旦松平信纲就位，一场更加血腥的战斗必然不可避免······
